对工厂拒绝结算和可能的工资扣除，你可以明确向工厂表明，扣工资是违法行为。根据《劳动合同法》相关规定，你有权申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。劳动行政部门会对此进行监管，并责令工厂支付应得的工资，若逾期不付，工厂还需支付赔偿金。
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针对工厂扣工资的问题，可以采取以下方法处理：首先尝试与工厂进行沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案；如果协商无果，可以向劳动行政部门进行投诉，让行政部门介入调解；如果情况复杂或争议较大，可以选择申请劳动仲裁。
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如果工厂老板以不结算来料加工为由而扣工资，你完全有权采取行动。第一步可以向劳动行政部门反映情况并寻求帮助；第二步是与工厂进行协商，理解对方的立场并寻找共同点；第三步，如果问题无法协商解决，可以申请调解或仲裁；最后，如果必要的话，可以提起诉讼。但请注意，具体操作时需根据实际情况来，如收集证据、准备材料等。