基本农田建房致排水受影响，需依法处理。依据相关法律法规，建房不应影响排水系统。《土地管理法》等规定了对农田的保护，违规建房将受法律制裁。若不及时处理，可能导致水患、农田受损等严重后果。
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处理此类问题，常见方式有协商、投诉、诉讼等。可先与建房者协商，无果则向相关部门投诉，仍无法解决则可提起民事诉讼，依据《物权法》等维护自身权益。
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处理排水受影响问题：1.协商：与建房者沟通，要求其采取措施恢复排水。2.投诉：向土地管理、农业等部门反映，请求查处违规建房。3.诉讼：若协商投诉无果，可向法院起诉，要求赔偿并恢复原状。4.法律依据：《土地管理法》《物权法》等，确保处理有据可依。