三方协议中民办医院上级主管部门不盖章有影响。分析：从法律角度看，三方协议是明确毕业生、用人单位、学校三方权利和义务的书面协议，需要各方签字或盖章才能生效。对于民办医院而言，如果其上级主管部门未在协议上盖章，可能导致协议在法律上不完整，进而影响协议的执行和效力。特别是当涉及户籍、档案、保险等权益时，可能引发纠纷。提醒：当协议中的条款无法得到有效执行，或因此产生法律纠纷时，表明问题比较严重，应及时寻求法律专业人士的进一步帮助。
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处理方式：从法律角度，处理这类问题的方式主要有两种：一是协商补盖，即与民办医院及其上级主管部门协商，要求在协议上补盖公章；二是寻求法律救济，如协议因缺少盖章而导致无法执行或产生纠纷，可通过法律途径解决。选择建议：首选协商补盖方式，这既经济又高效。若协商无果，再考虑寻求法律救济。
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具体操作：1.协商补盖：首先，与民办医院沟通，明确告知其上级主管部门盖章的重要性。然后，与上级主管部门联系，说明情况并请求盖章。在协商过程中，可保持沟通的正式性，如通过邮件或书面函件进行。2.寻求法律救济：若协商无果，可考虑通过法律途径解决。首先，咨询专业律师，了解具体法律程序和可能的结果。其次，准备相关证据材料，如协议文本、沟通记录等。最后，根据律师建议，选择提起诉讼或仲裁等方式维护自身权益。在此过程中，务必保持冷静和理性，避免情绪化决策。