恶意退款立案标准通常为1万元以上。依据《刑法》关于贷款诈骗罪的规定，若以非法占有为目的，诈骗金额达此标准，应予立案追究。不及时处理可能导致金融秩序混乱，资金损失严重。
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恶意退款处理视情况而定。金额小，先协商退款；协商不成，收集证据起诉。金额大或涉诈骗，立即报警，并提交相关证据。同时，加强内部管理，防范类似事件。
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处理恶意退款，常见方式有协商、诉讼及报警。若金额较小，可先尝试协商；协商无果或金额较大时，应考虑诉讼或报警，以法律手段维护权益。