修改休假扣工资不合法。依据《劳动法》等规定，用人单位不得无故扣工资，非法克扣属于违法行为。若持续克扣，将严重影响员工权益，可能导致劳动纠纷及法律后果。
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对扣工资，劳动者可协商、投诉或仲裁。应先与用人单位沟通协商；协商无果可向劳动监察部门投诉；必要时可申请劳动仲裁，以维护自身合法权益。
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扣工资不合法。处理方式：1. 与用人单位沟通，明确扣工资原因，要求合理解释或纠正。2. 若沟通无果，收集证据，如工资条、劳动合同等，向当地劳动监察部门投诉。3. 若投诉未解决，可申请劳动仲裁，提交相关证据，要求裁决用人单位恢复工资并赔偿损失。