农村三级残疾人合作医疗保险费用有减免政策。分析：根据相关政策，农村三级残疾人通常享有合作医疗保险费用的减免或优惠。具体减免额度或优惠政策可能因地区而异，但通常旨在减轻残疾人的经济负担。残疾人需持有效残疾证明，向当地医保部门咨询并申请相关减免。提醒：若发现当地医保部门未按规定减免费用，或费用明显高于政策规定，表明问题可能较严重，应及时咨询专业人士或相关部门。
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处理方式：从法律角度，处理农村三级残疾人合作医疗保险费用问题的方式主要有两种：一是咨询当地医保部门，了解具体减免政策并申请减免；二是若遇不公平待遇，可向当地残联或民政部门反映，寻求帮助。选择方式：建议首先咨询当地医保部门，了解政策并申请减免。若遇困难或政策执行不到位，再向残联或民政部门反映，寻求进一步帮助。
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具体操作：1.咨询医保部门：持有效残疾证明，前往当地医保部门咨询合作医疗保险费用减免政策，了解减免额度及申请流程。2.申请减免：按照医保部门要求，提交相关材料，申请费用减免。注意保留好申请材料副本及减免证明。3.反映问题：若遇不公平待遇或政策执行不到位，可向当地残联或民政部门反映问题，并提供相关证据。残联或民政部门将协助解决，或向相关部门反馈问题。4.寻求法律援助：若问题仍无法解决，可寻求法律援助，向律师咨询并申请法律援助服务，以维护自身合法权益。